Une infection primaire est une infection causée par un micro-organisme capable de provoquer une maladie chez un hôte immunocompétent, alors qu’une infection opportuniste est due à un agent habituellement peu ou pas pathogène qui ne provoque une maladie grave qu’en cas de déficit immunitaire (VIH, chimiothérapie, corticothérapie, etc.).

Infection primaire :
Elle est due à un pathogène « classique » (par exemple : virus de la grippe, Salmonella, Mycobacterium tuberculosis dans de nombreux cas).

Elle peut survenir chez un sujet en bonne santé, avec un système immunitaire normal, et provoque une maladie même sans immunodépression.

Infection opportuniste :
Elle est due à un micro-organisme faiblement pathogène ou commensal (Pneumocystis jirovecii, Candida, CMV, certains mycobactéries atypiques…) qui reste habituellement contrôlé par l’immunité normale.

Elle devient invasive et souvent sévère lorsque les défenses de l’hôte sont altérées (baisse des CD4, neutropénie, traitements immunosuppresseurs, diabète déséquilibré, etc.).

En résumé, l’infection primaire peut toucher tout le monde, alors que l’infection opportuniste profite d’une « fenêtre » de fragilité immunitaire pour se développer.